《拥挤的地铁》是一部以都市奇幻为背景的单元剧漫画。主角林茜每天搭乘的“末班地铁”，会在零点过后驶入一个名为“迷途站”的异空间。这里聚集着因执念而无法投胎的灵魂，他们带着生前的遗憾游荡。林茜因天生具有“灵视”能力，被地铁管理员“票务员”选中，任务是帮助这些灵魂完成心愿，送他们登上真正的“终点列车”。在与一个个灵魂交错的过程中，林茜也逐渐理解了自己与他人生命的意义。
林茜化解了自己因意外去世的愧疚执念，她不再是“灵视者”而是一名普通乘客。最后一班车，她看到所有被她送走的灵魂在窗外微笑挥手，列车驶向光明，她平静地闭上了眼睛。
林茜发现票务员曾是首任“灵魂引导者”，因爱上了一个灵魂而被罚永世困于车站。他的恋人即将迎来转世，林茜用自己的一次引导机会，换取了票务员与恋人灵魂的最后一面。
一位程序员的灵魂因代码漏洞导致公司破产而自责，不断在车站里敲打不存在的键盘。林茜告诉他，那个漏洞早就被修复了，他的贡献被写进了教科书。他终于释怀，化作数据流消散。
一位准新娘在婚礼前夜因车祸去世，她的灵魂一直穿着婚纱等待。林茜帮她传递了一封告别信给未婚夫，对方在婚礼现场为她留了一个空位，她看到后流下释然的泪，登上了列车。
林茜如常登上末班地铁，却发现车厢里坐满了面无表情的乘客。当列车驶入隧道后，四周景象突变，她发现自己来到了一个只有站台的无尽空间，一个穿制服的男人递给她一张“引导者”证件。
林茜第一次在末班车上看到一个哭泣的红衣女孩，其他人都看不见。女孩问她：“姐姐，我该在哪一站下车？”地铁广播响起：“下一站，迷途站。”故事由此展开。